Более двадцати лет флорентиец Эцио Аудиторе сражался с тамплиерами, главными врагами своего братства. Отомстив убийцам отца и братьев, побывав в главном святилище ассасинов и выслушав послание богини Минервы, он вернулся в родовое гнездо. Но надежда в покое и достатке встретить старость не сбылась – внезапно на замок напали наемники папы Александра VI, заклятого врага Эцио, которого тот однажды опрометчиво пощадил.
Потеряв последнего родственника, Аудиторе снова отправляется в Рим. На этот раз не только ради личной мести – он хочет свергнуть тиранию семьи Борджиа и вернуть Вечному городу мир и процветание.